其中，「大學學術追求卓越發展計畫」於1998年匆促推出，後因成效遭受質疑叫停，無人追究經費去向。2002年乃代之以「研究型大學整合計畫」及「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」。後者就是所謂的「5年5百億」，推動以來，因為「追求百大目標不明」、「預算執行排擠正常教育資源」與「重研究、輕教學」等問題而遭到監委糾正。
補助縮水 政策生變
雖然遭糾正，但第二期的計畫將在明年開跑，只是政府預算縮水，連帶導致教育部經費刪減106億，除了5年5百億計畫的補助會減少外，非高教的教育資源也受到影響，預計9月上路的免費營養午餐政策可能生變。
預算變少，錢更應該花在刀口上。東吳大學物理系教授劉源俊指出，教育部發展的競爭性專案，雖然補助學校進行研究，但也造成不少浪費。他認為每個學校資金需求的面向皆不同，這些競爭型專案首先設定了一些條件，例如要成立某些研究中心，或是加強英語課程等。
他批評：「有些學校根本不需要，但是不申請又不好看，結果申請到了經費，做的是他們不需要的部分，該做的，仍然沒錢做。」
各類研究中心、教學發展中心、國際合作部門，與頂大計畫辦公室等新型單位一棟接著一棟，排擠了原本學校內的其他資源。以政大為例，為了讓位給國科會等研究單位，政大社會科學資料中心被迫轉型，中心內15萬冊藏書將要下架。
高等教育 向錢看齊
這種現象讓學生認為，學校外表看起來好像愈來愈像個研究型大學，然而，這些光鮮外表下，只是國內高等教育向「錢」看齊，為了爭取國科會研究經費與獲得5年5百億補助不得不為的「轉型」。
除了學校得依照補助內容進行轉型，校園內的教師必須不斷衝高期刊論文投稿數量，才有辦法讓學校申請到補助。第2期5年5百億計畫中，就加強了「在該領域權威期刊或國際研討會發表的論文數到達世界前10名」等規範，讓教師成了論文研究的生產器，為獲得補助而生產出更多的研究。
一個教師可經由申請國科會研究計畫，拿到研究經費，生產研究報告並投稿至國際期刊論文，這些投稿量讓學校能夠申請各種補助，並在學校評鑑上加分，因此一個新進的教師將會面臨各方壓力，不斷促使他申請研究計劃。
某私校教師指出，高等教育中的教師同時肩負教學與研究的責任，這兩者不一定是分開的，而所謂的補助，應該是協助他在研究上不需為了經費或人力而煩惱，但是現在卻顛倒過來，當教師必須搶快、增量來生產研究報告，他的內容就會被侷限在某些地方，研究的自主性也被扼殺。
政策運行 誘人犯罪
除了自主性消失，學術風氣也被搞得烏煙瘴氣。某私校教師說，他不願意申請研究計劃，因為他不希望請自己的學生當研究助理，讓學生學會報假帳或假造名目等事情。雖然這非國科會或教育部的本意，但在這些政策運行過程中，卻難免導致老師浮報帳目、學生幫忙做假帳，制度的本身似乎「誘人犯罪」。
劉源俊指出，問題在於台灣的大學將補助經費都拿去增加硬體設備，卻沒有投注在人力資源，人力資源不只是研究人員的增設，還有行政人員，他舉香港的大學為例，香港的大學行政人員和教師比大約是1.4：1。
在香港，核銷等行政事務都交給專職人員處理，各自獨立的部門也可以減少從中做手腳的機會，並讓研究助理專心幫忙進行研究，而不是淪為雜役。劉源俊沉痛地說：「搞不清楚哪些地方需要用錢，讓教師和學生累得半死，怎麼可能搞好學術？」
台灣立報 2010/06/17 呂苡榕
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